Михаил Овчинников родился в Усть-Двинске Архангельской губернии. Сын священника. Окончив Архангельскую духовную семинарию, поступил в петербургскую Медико-хирургическую академию. После первого курса бросил учебу, в начале 1873 года пошел вольноопределяющимся на воинскую службу; писарь Главного штаба.
Весной 1873 года присоединился к революционному движению, пытался вести пропаганду среди писарей и нижних чинов Главного штаба, участвовал в «хождении в народ». Летом 1874 года помог бежать за границу Ипполиту Мышкину, отдав ему свой паспорт. В 1875 году присоединился к бакунистской Всероссийской социально-революционной организации (ВСРО), вел пропаганду среди петербургских рабочих, приобрел для организации типографский шрифт.
Вольноопределяющийся — это нижний чин Российской императорской армии, поступивший на воинскую службу добровольно и пользовавшийся определенными льготами. В эпоху рекрутской повинности (до 1874 года) вольноопределяющимися назывались лица, добровольно поступившие на службу из податных сословий, не подлежащих рекрутскому набору (купцы, мещане и др.), или же лица из податных сословий, не подлежавшие набору лично. После введения всеобщей воинской повинности статус вольноопределяющихся существенно изменился.
Чтобы стать вольноопределяющимся, призывник должен был иметь определенный образовательный ценз и добровольно выбрать обязательную службу на льготных условиях вместо вероятного призыва по жребию на общих условиях. Льготы для вольноопределяющихся состояли в сокращенном сроке службы и праве на производство (при условии сдачи особого экзамена) в офицеры по окончании срока службы.
В августе 1875 года Овчинников был арестован в Москве при разгроме ВСРО. Судился по «процессу 50-ти» (21.02-14.03.1877), признан виновным в составлении и участии в тайном противозаконном сообществе, поставившем себе целью ниспровержение существующего порядка, и в распространении книг, имевших целью возбуждение к бунту, приговорен к ссылке на поселение в Сибирь на 16 лет без права отлучек в течение 4 лет.
«Процесс 50-ти», процесс «москвичей», суд над участниками «Всероссийской социально-революционной организации» . Проходил в Особом присутствии Правительствующего сената (Петербург) 21 февраля (5 марта) — 14 (26) марта 1877. «П. 50-ти» был гласным и публичным. Обвиняемые: С. И. Бардина , П. А. Алексеев ,И. С. Джабадари , Г. Ф. Зданович ,В. Н. Фигнер , В. С. и О. С. Любатович и др. Возраст большинства подсудимых 18—23 года.
Первый в России политический процесс, на котором активно выступили рабочие (14 чел.) и женщины (16 чел.). Главное обвинение — участие в «тайном сообществе, задавшемся целью ниспровержения существующего порядка».

Ссылку отбывал в Енисейской губернии, откуда бежал в сентябре 1881 года. Вернувшись в Европейскую Россию, поначалу поддерживал связи одновременно с партией «Народная воля» и с анархо-народнической организацией «Черный передел», выполняя отдельные поручения «в интересах общего дела». В начале 1882 года вступил в «Народную волю».
Занимался преимущественно организационными делами и устройством связи между народовольческими группами в Северо-западном и Прибалтийском крае. Как сторонник агарного и фабричного террора, в начале 1884 года присоединился к народовольческой «оппозиции», а весной 1884 года участвовал в создании самостоятельной «Молодой партии Народная воля», стал членом ее ЦК.
Организация «молодых народовольцев» просуществовала очень недолго. Уже в конце апреля 1884 года Овчинников был арестован в Вильно. Почти два года провел под следствием, по высочайшему повелению от 22 января 1886 приговорен к ссылке в Якутскую область на 5 лет.

Проживая в Олёкминске, Овчинников занялся изучением этнографии якутов и местного русского населения, а позже и археологией Якутии, стал сотрудником Восточно-сибирского отдела Русского географического общества (ВСОРГО). Научные интересы привели к прекращению участия в революционном движении. По окончании срока ссылки Овачинников переехал в Иркутске, продолжая научную работу. С 1904 года состоял членом Распорядительного комитета ВСОРГО.
Михаил Павлович Овчинников отдался всецело изучению сибирской старины, ее памятников, архивов, следов пребывания здесь доисторического человека. Благодаря ему, почти единолично, основались Ирк. губ. ученая архивная комиссия, председателем которой он состоял много лет, и его старанием, или под его руководством Восточная Сибирь и Прибайкалье сохранили много драгоценных исторических документов.
Изучая нашу археологию, он открыл несколько стоянок первобытного человека, и еще не так давно любовь его к археологическим раскопкам увлекала часть молодежи на путь изучения старины. Иркутскому музею маститый старец оставил богатые палеонтологические коллекции и содействовал его развитию, будучи одно время хранителем или консерватором его.

Многие ученые, профессора, археологи пользовались опытом Михаила Павловича, начинали работы по его руководству.
Архивная комиссия потеряла в лице Овчинникова часть своей души, географическое общество утратило незаменимого работника, а Восточная Сибирь лишилась такого же знатока ее, каким для Западной Сибири являлся Г. Н. Потанин.
Умер Овчинников в 73 года в Иркутске 11 июня 1921 и вся жизнь его была посвящена тому делу, которое он избрал.
По мотивам рассказа. Анатолий Дубовик